Her organ gibi, vajinanın da vajinanın "kontrol kulesi" olan laktobasil olarak bilinen bir tür de dahil olmak üzere bir dizi bakteriden oluşan kendi özel florası vardır. Bu koruyucu bakteriler, dış kaynaklı (cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar, bağırsak florasının neden olduğu enfeksiyonlar vb.) veya anormal şekilde gelişen vajinal boşlukta bulunan mikroplara (mikozlar, vajinozlar vb.) karşı koruyucu bir role sahiptir. Bu enfeksiyonlar rahatsız edici semptomlara (kaşıntı, tahriş, yanma hissi, hoş olmayan “balık” kokusu, olağandışı ve bol akıntı, cinsel ilişki sırasında ağrı vb.) neden olabilir.
